隨著新醫改的推進，醫療機構的數量，尤其是基層醫療機構的數量在急劇增加，藥店、民營醫院和診所的發展方興未艾。
三大類終端構成了醫藥流通供應鏈中流通企業的下游，決定和制約著流通企業的結構和數量，同時其相互之間對醫療資源和患者資源的競爭，決定了不同終端數量的動態變化。供應鏈的發展本身就是向高效率、高質量進化的過程。供應鏈整合所建立的合理結構依賴于供應鏈成員之間的資源共享和信息溝通，合理的機制是維系供應鏈結構穩定的根源。
作為廠家，已經從原有的單純貿易供貨關系逐步轉變成服務型的企業。現階段更考究的是廠家怎么服務好零售，使零售終端有一定的核心競爭力，從而擴大自身的發展空間。實際上終端也需要工業企業的不間斷扶持，在今后可能這種關系越來越緊密，不單單是貿易貨物上的往來，更多的是變成服務型，如可能有管理輸出，還有店員培訓等。廠家與零售終端將從松散的服務變成緊密的合作。
未來醫改背景下的競爭不再是產品和企業管理的競爭，而是供應鏈體系的競爭，供應鏈向上下游延伸意味著供應鏈成員的合作大于競爭；供應鏈整合的成員之間需要建立信息交流與共享機制，這是形成供應鏈目標一致的基礎。
近年，迫于生存壓力，不少終端藥店為了提高商品毛利，大力發展自有品牌，藥店黃金陳列位置為自有品牌商品讓路，有的藥店甚至把毛利偏低的品牌藥下架處理，深深傷害了上游供應商。此時，國內許多知名零售藥店巨頭卻相當清醒，頂著毛利下滑壓力，始終與優質知名供應商保持著良好合作關系。
“吹盡狂沙始到金”。工商之間經過多年磨合后，自有品牌之風日漸式微，不少一度向知名品牌說“不”的藥店也在理性回歸，黃金陳列位置重新向品牌產品張開懷抱。此時，上游企業也適時調整銷售策略，大企業更樂于與規模大、直營店占比大、門店執行力強的連鎖藥店強強聯手、深度合作。據了解，以往為了開拓市場，上游供應商不惜到各地開設辦事處。而今，只是保留了部分辦事處，更多的精力放到了與連鎖藥店總部的深度合作上，因為這些版圖向全國延伸的連鎖藥店，通過較為高度統一、快捷的商品流向，可將其產品源源不斷地向全國輸送，在專業服務上的優勢更加突出，可深化產品的分銷力。
在醫藥商業流通變革提速、終端集中度不斷提升、上下游互相滲透增多的大背景下，工商關系將迎來新一輪的良性發展。因此，選擇理念相同的成員是供應鏈整合中的關鍵：要建立成員的準入標準，充分利用優勢互補的原則，每個環節做好專業的事；成員的選擇要符合醫改要求，同時需要把追求供應鏈的整體效益作為發展的宗旨，將成員企業的管理體系與自身體系進行有效鏈接；分享市場和技術信息，共同承擔市場風險，建立長期合作的戰略共生關系。
農村市場的特點決定了其零售終端對生產企業的要求是希望工業盡量提供以經典老藥為主，低檔劑型和小規格包裝產品，以縮小客單價，快速實現銷售。而工業企業對于零售企業的要求則是保護消費安全和利益，多賣品牌產品，不能一味以價格為主要導向。
醫藥工商企業在選擇合作終端時，看中的主要是藥店的規模與專業性，因此自然會選擇一些規模較大的連鎖或出色的單體店。工業可以額外提供一些贈品、檢測儀器等以促進藥品銷售。在新形勢下，農村藥店應從專業化入手，將品種做得更齊全，從農村穩定的人口中培養穩定的顧客。藥店應多給農村藥店店員一些關注，多派人員下基層，解決店員的實際問題，如廠家對店員的培訓。同時，藥店終端則應通過提高專業化水平、提供齊全的藥品品類加強藥店的競爭力。
農村藥店主要以單體店為主，在新醫改政策下，農村藥店生存空間被壓縮已是不爭的事實，面對目前的情況，單體藥店應有危機意識，多學習藥店經營、用藥知識方面的技能，強化藥店競爭力，否則必然被市場淘汰。
由于我國藥品同質化較為嚴重，在供應鏈的體系營銷中常分為4個層次：原料生產企業、制劑生產企業、流通企業、終端客戶，由于成員單位隸屬于不同的企業，所處環境不一致，動態的調整是必須的過程。而在供應鏈體系中，藥品銷售通路作為核心要素之一，歷來為醫藥行業所重視。但要充分激發整個營銷鏈的活力，必須把握藥品銷售通路的三大核心要素，只有經過長期磨合，才可以形成有效率的供應鏈體系。
一是體系安全性，即藥品流通渠道安全的穩定性，確保藥品經過各個供應環節安全到達患者手中，不會因某些原因而導致藥品供應鏈的斷裂。二是利益均衡性，在藥品供應鏈中，主要的利益相關者有4個，即工業、分銷商、零售終端和市場推廣承包商，要建立有效的藥品銷售通路，必須解決上述四大利益相關者的利益分配問題。醫藥工業需將適當而足夠的利潤空間讓渡給其他三方，并進行合理的分配，以達到各方利益訴求的均衡。三是效率穩定性，即藥品銷售通路的配送效率，要求快速地將藥品從制造方輸送至銷售終端并到達患者手中，形成銷售回款。
醫藥供應鏈體系中銷售通路三大核心要素相輔相成。只有解決利益分配問題，讓各方都能獲得合適的利潤，方能讓各通路成員自覺維護藥品的通路安全，提高通路效率，也只有具備合理的盈利能力，才能讓各通路成員有財力維護藥品的質量安全，并保證供應鏈的暢通。
在我國1萬多家商業公司中，藥店聯盟已然成為推動商業渠道整合的新生力量，由藥店聯盟派生出的許多新商業公司，已令傳統商業公司坐立不安。
國內大多數生產廠家沒有足夠好的終端隊伍，以實現與零售終端的對接、價格維護、店員店長教育等方面工作，要和零售藥店一一商洽對廠家來說，顯然難度過大。與此同時，終端藥店也希望獲得與供應商議價、索取資源的更好渠道。因此，藥店聯盟的出現，為上下游的有效對接搭建了一個平臺，降低了溝通成本。在帶動聯盟內所有成員的銷售的同時，利用聯盟的平臺，使成員充分與廠家對接，還能盤活一些有困難的門店，將資源放大，最終使連鎖藥店整體實力得到提升。
目前供應鏈整合的主體是醫藥流通企業，做好渠道的歸攏、價格的維護，能夠保證上游成員的網絡覆蓋要求；生產企業的定位主要是保證產品的供應和質量，能夠在學術宣傳上起到拉動市場的作用；下游的終端客戶則需要維護上游供應鏈成員的權益，以此贏得上游成員的產品、配送、量價的配套服務。
聯盟的價值不僅在于借助聯盟的覆蓋范圍進行有效的管理服務輸出，更在于資源共享。醫藥聯盟發展到今天，各種力量介入，整合上下游資源，走多元化聯盟之路，已經成為主流，未來聯盟將更多地被資本所主導，資本會增加話語權。同樣在供應鏈的整合中，需要認真地對維系供應鏈和諧的內在要素進行分析，建立供應鏈成員共贏和多贏的良好局面。未來流通行業的競爭不再僅是產品和企業管理的競爭，而是供應鏈體系的競爭，供應鏈向上下游延伸意味著供應鏈成員的合作大于競爭，成員之間需要建立信息交流與共享機制。
